Yoshi's Story

Os Yoshis viviam em harmonia em sua ilha, Yoshi's Island. Fazendo uso da Super Happy Tree (Árvore Super Feliz), uma árvore mágica, eles podem se manter sempre alegres. Contudo, Baby Bowser aparece e amaldiçoa a ilha para transformá-la em um livro de histórias, e ainda rouba a árvore para destruir a felicidade dos Yoshis. Seis ovos sobreviveram, o os pequenos Yoshis devem recuperar a felicidade de sua ilha.

Em Yoshi's Story o jogador deve explorar cada fase. Em cada uma, existem várias frutas que restauram a energia de Yoshi. Quando o jogador come 30 frutas, a fase termina. Yoshi pode pular, correr, e atirar ovos em inimigos ou bolhas contendo frutas. Esse ovos são obtidos em caixinhas flutuantes ou simplesmente comendo Shy Guys. A energia do Yoshi é dada por uma flor, sendo cada pétala uma parte da energia, que é perdida conforme o jogador se machuca, e recuperada conforme Yoshi come frutas ou outras flores.